Il Direttore Scientifico definisce le linee strategiche, sovrintende alle attività di ricerca, predispone il programma di ricerca, definendo gli obiettivi e verificando i risultati.
Il Comitato tecnico-scientifico della Fondazione Don Gnocchi è il principale strumento per la programmazione e il coordinamento dell'attività di ricerca scientifica.
Il Comitato Etico - organo costitutivo dell’IRCCS - è indipendente e autonomo ed opera con funzione consultiva e formativa.
La Biblioteca Scientifica della Fondazione Don Gnocchi ha sede presso il Centro IRCCS "S.Maria Nascente" di Milano (via Capecelatro 66) ed è accessibile ad interni ed esterni.